Юрий Гагарин пошёл в школу 1 сентября 1941 года, а уже 12 октября деревню заняли гитлеровские войска. Семью с детьми немцы выгнали на улицу, в их доме устроили мастерскую. Гагариным пришлось выкопать маленькую землянку, накрыть её дёрном и выложить печку.
В первый год войны Юра Гагарин нашел в лесу возле родной деревни Клушино раненого красноармейца. Он старший брат Валентин носили солдату еду и перевязывали его раны.
Маленький Юра был свидетелем страшных событий: отца оккупанты избивали, заставляя на себя работать, а старшего брата Валентина и сестру Зою угнали в Германию. Юра видел, как матери бежали за машиной, которая увозила их детей, а гитлеровцы отгоняли их прикладами.
Юра успел побороться с немцами, как мог: подбросил каустической соды в аккумуляторы, которые заряжал расположившийся у них в избе немецкий автомеханик: «Это я ему устроил, когда он на велосипеде катался», — говорил он. Позже Гагарин не любил вспоминать о военных годах.
Юрий принял решение продолжать учебу в Москве, ему удалось поступить в Люберецкое ремесленное училище. Одновременно он поступил и в вечернюю школу рабочей молодёжи, а после и в Саратовский индустриальный техникум на литейное отделение, где помимо учёбы был хорошим физкультурником.